《黑客帝国4：矩阵重启》的剧情发生在距离前作多年的未来，主角尼奥与崔妮蒂似乎已经过上了普通人的生活，他们忘却了曾经的冒险与战斗，沉浸在平凡的日常中。然而，尼奥的梦境中频繁出现的模糊预兆和异常现象，开始让他对自己的真实身份产生怀疑。随着梦境与现实的交融，他渐渐回忆起曾经的超能力与矩阵世界的种种。与此同时，一个新的威胁悄然降临，矩阵系统正在经历一次重大的升级，它变得更加智能和强大，意图彻底控制所有的人类。

面对新的挑战，尼奥和崔妮蒂必须重新找回自己的勇气和力量，与新的盟友一同对抗矩阵的统治。他们穿梭于现实与虚拟之间，展开了一场惊心动魄的冒险，试图揭开矩阵背后的秘密，拯救人类的未来。在激烈的战斗中，尼奥与崔妮蒂不断挖掘自身的潜力，最终找到了重启矩阵的关键，为人类的自由与希望展开了最后的决战。